カテゴリー: アウトリーチ

今年2回目のインターンシップ「新種の微生物を見つけよう！遺伝子で紐解く微生物の種多様性」(８月31日～９月2日)を実施しました。マネージメント は、PDの高部さんとLabTechの小林さん、デモは院生の藤原さんと黄さんでした。今回は学部2年から４年生まで4名の学生さんが参加してくれました。

地球上の生物の生息環境としては、上限と下限とも言える環境に住む微生物たちにはどんな種類のものがいるのか？ということで、温泉と流氷という対照的な環境から分離した単離株について、未同定だった20株ほどの16SrRNA遺伝子配列決定と分類群の特定を行いました。そのうち新種判別の基準である既知種との相同性97%以下の株は2株でした。それぞれ、次の研究対象として面白そうな菌株コレクションが新たに加わりました。

恒例となったインターンシップ「新種の微生物を見つけよう！遺伝子で紐解く微生物の多様性」を4/1, 4/4, 4/5の３日間で実施しました。今回は、参加者全員が首都圏近郊からということで、初の試みとして土日を挟むスケジュールにしてみました。初日の金曜日は、あらかじめこちらで単離した菌株のコロニーピックからDNA抽出、16SrRNA遺伝子をPCR増幅して、最後に電気泳動で増幅を確認するところまででしたが、参加した学生から「自分で取ってきた菌を使いたかったです〜」というリクエストがあり「そこから始めると3日じゃできないんだよね」「でも、とりあえず何か水サンプル持ってきてくれたら、培地に播くところだけやってもらうことはできるけど？」と提案したところ、「それやりたいです！」ということで、滅菌容器を何本か渡しました。週明けの月曜日には、嬉々として週末に川とか海とかいろんな場所で取った水サンプルを持ってきてくれたので、その日はシーケンス反応からシーケンサーにセットするところまでの予定でしたが、追加でサンプルを寒天培地に播種するという最初のステップを体験してもらいました。最終日には、シーケンスデータの解析をして、新種候補を探しました。ということで、スタッフは予定外の培地作りでてんてこ舞いでしたが、週末を挟むスケジュールが功を奏して？超充実の内容となりました。

今回使った菌株は、昨年12月に能登で採取した波の花から、2月のサロマ湖海氷調査で採取した海水から、2月の白鳳丸航海で奄美沖で採取した海水からそれぞれ分離した菌株でした。23株の配列を決めて相同性検索した結果、新種判定の一つの基準となる「既知種との相同性97%以下」の株が2株見つかりました。いずれもフラボバクテリアの系統でした。そのほかにも、有望株として97%台の株が２つありました。相同性94%の株は属レベルで新しい可能性もありますのでさらに詳しく調べることになりそうです。また、97%の株は海藻由来の多糖類の分解菌として分離したものですので、こちらもさら解析されることになりそうです。

８月２４日～２６日の３日間、インターンシップ「新種の微生物を見つけよう！遺伝子で紐解く微生物の種多様性」を実施しました。特任研究員の高部さんと院生の長谷川さんが全体のマネージメントをやってくれて、春と同じ内容で、ただし違うサンプルの単離株の16SrRNA遺伝子配列を決定して、分類群の特定を行いました。今回は学部１年から４年生まで色々な大学から6名の学生さんが参加してくれました。使った単離株は、波の花、真鶴の海水、潮溜まりの海水、水月湖の海水から分離したものをそれぞれ一株ずつ選んでもらい、各自4株の遺伝子配列をサンガー法で決定しました。デモ用に解析した株も含めて、全部で33株の配列を決定し、そのうち新種判別の基準である既知種との相同性97%以下の株は５株でした。そのうち３株は真鶴沖の海水から分離したもの、２株は能登半島の曽々木海岸で採集した波の花から分離したものでした。今後、チャンスがあれば新種記載することになるかもしれません。

大槌から戻った翌日から３日間のインターンシップを実施しました。この企画は、大気海洋科学スプリング・インターンシップということで、学部生向けに研究所での研究活動を３日間程度で体験してもらうもので、それぞれの研究室単位で様々なテーマを提供しています。私たちの微生物分野では生物遺伝子変動分野の吉澤先生と一緒に「海洋微生物の新種を探そう!」というテーマで募集して、4名の学生が参加してくれました。様々な分離源から得られた細菌株の16SrRNA遺伝子配列を決定し、相同性検索から近縁種の特定と系統解析をしてもらいました。昨年はコロナのため中止になってしまい、今年も３月まで緊急事態宣言が続いたため、対面での実施ができるかどうか危ぶまれたのですが、なんとか予定通り実施することができました。何人かの学生とスタッフに時間を使ってもらい、それなりの手間はかかりましたが「１年間オンライン授業ばかりだったので、久しぶりに実験ができて楽しかった」「微生物の実験やレクチャーを聞いて視野が広がった」と大好評でした。また、スタッフの分も含めて30株以上のシーケンスが得られたのですが、それらの中には新種の候補となりそうな株や、さらに解析したら面白そうな株もあって、そうした意味でも有意義な３日間となりました。