平成５年度 科学研究費（奨励Ａ）「ミトコンドリアＤＮＡ塩基配列による日本沿岸におけるシロウリガイ類の種分化の研究」
平成５年度 科学研究費（一般Ｃ）「天然個体群を用いた、線形動物門の系統学的位置に関する分子生物学的研究」（研究分担者）
平成５年度 成茂動物科学振興基金研究助成 「ハオリムシ類の系統学的位置に関する研究」
平成６年度 昭和聖徳記念財団研究助成 「多毛類高次分類群の系統関係に関する研究」
平成７年度 科学研究費（奨励Ａ）「環形動物門の初期進化に関する分子系統学的研究」
平成８年度 科学研究費（奨励Ａ）「シロウリガイ種群の種分化過程に関する分子系統学的研究」
平成８年度 福岡県水産海洋技術センター委託研究 「ミトコンドリアＤＮＡによるエゾアワビ、クロアワビ識別手法の開発」
平成９年度 福岡県水産海洋技術センター委託研究 「エゾアワビ、クロアワビ混合集団の遺伝的構造の解明」
平成１０〜１２年度 科学研究費（基盤Ｃ）「太平洋・日本海間における海洋生物の種分化・遺伝的分化に関する比較分子系統学的研究」
平成１０年度 福岡県水産海洋技術センター委託研究 「核ＤＮＡおよびミトコンドリアＤＮＡに基づく、クロアワビ集団の遺伝的特性の解明」
平成１１年度 福岡県水産海洋技術センター委託研究 「分子マーカーによるクロアワビ集団の地理的構造の解析」
平成１２〜１６年度 学術創成研究「海洋生命系のダイナミクス」（研究分担者）
平成１３〜１５年度 科学研究費（基盤Ｃ）「日本周辺の干潟に生息する巻貝類の遺伝的多様性と種分化に関する分子系統学的研究」
平成１５〜１６年度 科学研究費（基盤Ｂ海外学術調査）「南太平洋ラウ海盆周辺の深海熱水生物群集の起源に関する研究」（研究分担者）
平成１７年度 東京大学海洋研究所連携研究費「深海熱水噴出域における蔓脚類の多様な摂餌戦略」
平成１８〜１９年度 科学研究費（基盤Ｂ海外学術調査）「南西太平洋熱水噴出域における細胞内共生細菌の系統による巻貝類の住み分け機構の解明」
平成１８〜１９年度 科学研究費（基盤Ｃ）「地球温暖化の関与が疑われる東日本太平洋岸における南方系巻貝類の分布域拡大過程」
平成２０年度 独立行政法人石油天然ガス・金属鉱物資源機構共同研究 「明神海域および中部沖縄トラフにおける熱水域固有底生生物の遺伝的集団構造」
平成２０〜２４年度 新学術領域研究 「大河の時間変動と熱水生態系の進化」（研究分担者）
平成２２〜２５年度 科学研究費（基盤Ｂ）「系統地理学的解析および耳石分析による日本海深海性底魚群集の成立過程に関する研究」
平成２３〜２５年度 科学研究費（基盤Ｂ）「深海性化学合成群集に生息する貝類の多様性・系統・生物地理」（研究分担者）
平成２３年度〜令和２年度 三陸マリンサイエンス拠点形成事業 「地震・津波による生態系攪乱とその後の回復過程に関する研究」（研究分担者）
平成２４〜２６年度 科学研究費（戦略萌芽）「直達発生種の遺伝的集団構造に基づく巨大津波による三陸沿岸の生態系撹乱履歴解明」
平成２４〜２６年度 国立水俣病総合研究センター基盤研究「八代海における海洋生態系群集構造と水銀動態」（共同研究者）
平成２６〜２８年度 科学研究費（基盤Ｂ）「海産軟体動物の系統地理と種分類：アジア北西太平洋域における広域解析」（研究分担者）
平成２７〜２９年度 国立水俣病総合研究センター基盤研究「水俣湾、八代海、他海域における水銀の生物濃縮と沿岸生態系食物網解明」（共同研究者）
２０１８〜２０２０年度 科学研究費（基盤Ｂ）「海に漂うマイクロプラスチックの生体影響をムール貝のマルチオミクス解析で解明する」（研究分担者）
２０１９〜２０２３年度 科学研究費（基盤Ａ）「北西太平洋の海溝域に生息する深海底生動物の多様性と進化機構の網羅的解明」
２０２０〜２０２２年度 環境研究総合推進費 「深海小型底生生物のメタゲノム解析によるモニタリング法の開発」
２０２４〜２０２６年度 科学研究費（基盤Ｂ）「現在と過去の海洋環境変動に対する深海生物の分布域および分布水深の変化」